بیمارستانی همچون ذات‌الریه، عفونت‌های دستگاه ادراری، سپتیسمی، مننژیت باکتریایی و عفونت مجاری صفراوی ایجاد می‌کند.
کلبسیلا نمونیه به عنوان یک علت مهم ظهور عفونت‌های بیمارستانی، به ویژه در میان بیماران بخش نوزادان و مراقبت‌های ویژه با نرخ بالای مرگ ومیر در طول دو دهه گذشته شناخته شده ‌است. بروز عفونت‌های ناشی از گونه‌های کلبسیلای مقاوم به چند دارو افزایش یافته است.
مقاومت به چند دارو در باکتری کلبسیلا نمونیه با مراقبت‌های بهداشتی، تنها با استفاده از کرباپنم‌ها، به عنوان آخرین خط دفاع آنتی‌بیوتیکی ممکن برای عفونت مرتبط است. متاسفانه از اوایل سال 2000 سویه‌های کلبسیلا نمونیه مقاوم به چند دارو (MDR) شروع به تولید کارباپنمازهای کد شده توسط پلاسمیدها کرد. که به‌سرعت در بیماران سرپایی و بیماران بستری در بیمارستان‌ها منتشر شد.
برای تشخیص وقوع اپیدمی حاصل از سویه‌های مرتبط و غیر مرتبط و همچنین مقایسه نمونه‌ها در سطح زیرگونه، روش‌هایی وجود دارد، که مهمترین آن‌ها روش‌های اپیدمیولوژی تایپینگ است که ما را به این هدف نزدیک می‌کند. از جمله این روش‌ها،روش متکی بر برش آنزیمی و روش تایپ‌بندی بر اساس PCR و PFGE می‌باشد، که به کشف اپیدمیولوژی مولکولی کلبسیلا نمونیه و تسهیل‌ شناسیایی منبع و همچنین به عنوان سویه‌های جدا شده از شیوع برای درک بهتر اپیدمیولوژی سویه‌های MDR می‌باشد.
PFGE اغلب به عنوان استاندارد طلایی از دیگر روش‌ها در نظر گرفته می‌شود، که این تکنیک برای تایپینگ و شناسایی بسیاری از ارگانیسم‌ها از جمله کلبسیلا نمونیه روش مرجع می‌باشد. هدف از این مطالعه بررسی الگوی حساسیت آنتی بیوتیکی و همچنینPFGE  به منظور مطالعه مولکولار اپیدمیولوژی سویه‌های کلبسیلا جدا شده از بیماران بالینی بیمارستانی می‌باشد.
با توجه به اهمیت MDR در باکتری‌ها، نیاز به برنامه‌ریزی‌های جدید برای جلوگیری از گسترش آن‌ها مشهود است. سیاست غلط مصرف بی‌رویه‌ی آنتی‌بیوتیک‌ها، محدودیت منابع، نبود امکانات لازم در بیمارستان‌ها در ایجاد این شرایط تاثیر گذار بوده است، که اثر بخشی بسیاری از عوامل ضد میکروبی را محدود نموده است، در نتیجه انتخاب‌های درمانی به طور قابل توجهی کاهش یافته، که به همین خاطر پزشکان مستقیم به سراغ آنتی‌بیوتیک‌های قوی می‌روند، و قوی‎ترین آنتی‌بیوتیک را تجویز می‌کنند. لزوم مطالعات بیشتر‌ در این زمینه و همچنین کاهش مصرف آنتی‌بیوتیک‌ها و تجویز آنتی‌بیوتیک‌ها به وسیله پزشکان با توجه به نتیجه تست حساسیت آنتی‌بیوتیکی ضروری است.
در این مطالعه سعی شده است به بررسی آنالیز ژنتیکی جدایه‌های کلبسیلا نمونیه دارای مقاومت چندگانه دارویی و الگوی مقاومت آنتی‌بیوتیکی و تعیین تایپ‌های آن‌ها پرداخته شود زیرا برای پیشگیری و کنترل عفونت‌ها و برای انتخاب درمان مناسب، بررسی آنالیز ژنتیکی و بررسی اپیدمیولوژیک این جدایه‌های مورد نیاز است. و دراین مطالعه با تشخیص ارتباط کلونال جدایه‌های کلبسیلا نمونیه و بررسی تنوع ژنتیکی آن‌ها می‌تواند در شناسایی منبع و کنترل عفونت‌های ناشی از کلبسیلا نمونیه  مفید و کاربردی باشد.